Обитель расположена на юго-западной стороне города, на берегу озера Неро, вдоль которого раскинулся весь Ростов. Архитектурный ансамбль Спасо-Яковлевского монастыря свидетельствует о том духовном подъеме, какой переживала древняя обитель после потрясений конца XVII века, вызванных реформами Петра I.