В древности местность, где скрещивались старые улицы Петровская и Большая, была сплошным болотом; где-то здесь брала начало Зрачка - речушка, доходившая до реки Великой у Мстиславской башни.
«Большой мор» 1522 года, унесший много жизней псковичей, имел своим началом заболевание на Петровской улице, и именно здесь, «у креста, где мотыльня гридница прежде бывала», по указанию великого князя Василия III в том же году была возведена первоначальная церковь Покрова. «Мотыльня» - значило место свалки; здесь, на окраине у Покровских ворот, среди топи «на плотах» была поставлена деревянная церковь. После пожара 1590 года она была возобновлена в более долговечном материале - плитняке. Где-то около середины XVII века церковь подверглась сильной переделке; перестраивали ее и позже (в частности, колокольня была сооружена уже в XVIII столетии).
Главный объем храма - обычной кубической формы. Характер обработки фасадов позволяет предположить, что первоначальное покрытие четверика было не четырехскатное, каким мы его видим сегодня, а более сложное - восьмискатное.
В нынешнем своем виде церковь вызывает странное ощущение «упрятанной старины». Можно только догадываться, что за ровной линейной обмазкой карнизов глухого барабана и гладких фасадов, за необычно крупными оконными и дверными проемами и «переиначенными» апсидами скрывается неповторимая, как и все, что касается псковских храмов, первоначальная основа церкви Покрова от Торга. Даже исконный вид колокольни с шестипролетным ярусом звона, который вернули ей реставраторы уже в наше время, не помогает восприятию церкви как памятника XVI века с типичными и вместе с тем оригинальными элементами архитектуры и декора.