Институт исламского искусства был основан на базе института Бенаки, который содержал частную коллекцию Антониса Бенакиса, он начал собирать её живя в Египте.
Музей исламского искусства расположен в двух смежных неоклассических зданиях, подаренных Л. Эфтаксией. Здания расположены в историческом центре Афин, рядом с Керамикос. Когда они ремонтировались, на фундаменте была обнаружена часть стены города и древняя гробница. Сегодня их можно увидеть на цокольном этаже здания. Музей исламского искусства состоит из четырех этажей. Его коллекция охватывает века с VII века до нашей эры. до XIX века.
Коллекция исламского искусства Музея Бенаки, в которой представлены примеры всех ее местных вариаций из Индии, Персии, Месопотамии, Малой Азии, Ближнего Востока, Аравии, Египта, Северной Африки, Сицилии и Испании, входит в число самых важных в мире.
Две резные деревянные мемориальные дверные панели из Месопотамии 8-го века входят в число наиболее важных объектов в коллекции, а также уникальный тростник из 10-го века Тверии, небольшой медный ящик с надписью Исмаила ибн аль-Варда аль-Маусли, датированный 1200 годом, бронзовая астролябия Ахмада ибн аль-Сарраджа от 1328/29 года и знаменитое бархатное седло XVI века из Бурсы.
Современная греческая культура сильно подверглась влиянию ислама, даже если греки, как правило, подчеркивают свои связи с Западной Европой и затушевывают свое восточное наследие. Исламский музей предлагает понимание арабской культуры и цивилизации, но он не в состоянии сделать связи между греческим византийским или современным искусством и исламским искусством. Большинство артефактов, которые экспонируются в музее, происходят из Египта, Персии и Ирана. Это удивительно и, может быть, немного разочаровывает, что ничего не приходит из периода турецкого владычества Греции. Похоже, что это очень ненавидимое прошлое было тщательно очищено.